合同无效但双方已实际履行
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1.征收补偿协议一方在约定期限内不履行相应义务或者履行义务不符合约定的，被征收人有权起诉要求征收人依约履行相应义务。
2.以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益、恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益、以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益以及违反法律、行政法规的强制性规定的情形下，协议无效。
3.除协议中部分条款属于无效的情况下，可确认协议中无效条款，并要求对方依照协议中有效条款依约履行。否则要求对方履行补偿协议约定义务和确认整份补偿协议无效相悖，是不可以同时提起诉讼的。
二、相关法规
《合同法》
第五十二条：有下列情形之一的，合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(三)以合法形式掩盖非法目的;
(四)损害社会公共利益;
(五)违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十三条：合同中的下列免责条款无效：
(一)造成对方人身伤害的;
(二)因故意或者重大过失造成对方财产损失的。
第五十四条：下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销：
(一)因重大误解订立的;
(二)在订立合同时显失公平的。
一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。
当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销
第六十条：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
第六十一条：合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
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一、我国《合同法》第52条规定，有下列情形之一的，合同无效：
(1)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(2)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(3)以合法形式掩盖非法目的;
(4)损害社会公共利益;
(5)违反法律、行政法规的强制性规定。
二、合同无效五种情形解读：
(1)以欺诈、胁迫手段订立合同，损害国家利益
根据《民法通则若干问题的意见》第68条之规定，所谓欺诈是指一方当事人故意告知对方虚假情况，或者故意隐瞒真实情况，诱使对方当事人作出错误的意思表示。因欺诈而订立的合同，是在受欺诈人因欺诈行为发生错误认识而作意思表示的基础上产生的。
根据《民法通则若干问题的意见》第69条的规定，所谓胁迫，是以给公民及其亲友的生命健康、荣誉、名誉、财产等造成损害或者以给法人的荣誉、名誉、财产等造成损害为要挟，迫使相对方作出违背真实意思表示的行为。胁迫也是影响合同效力的原因之一。
依《合同法》第52条规定，一方以欺诈、胁迫等手段订立的合同，只有在有损国家利益时，该合同才为无效。
(2)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益
所谓恶意串通，是指当事人为实现某种目的，串通一气，共同实施订方合同的民事行为，造成国家、集体或者第三人的利益损害的违法行为。
恶意串通而订立的合同，其构成要件是：
1、当事人在主观上具有恶意性。即明知或者知其行为会造成国家、集体或者第三人利益的损害，而故意为之。
2、当事人之间具有串通性。串通是指相互串连、勾通，使当事人之间在行为的动机、目的、行为以及行为的结果上达成一致，使共同的目的得到实现。在实现非法目的的意思表示达成一致后，当事人约定互相配合或者共同实施该种合同行为。
3、双方当事人串通实施的行为损害国家、集体或者第三人的利益。恶意串通的结果，应当是国家、集体或者第三人的利益受到损害。法律并不禁止当事人在合同的订立和履行中获得利益。但是，如果双方当事人在谋求自己的利益的同时而损害国家、集体或第三人的利益的时候，法律就要进行干预。
恶意串通所订立的合同，是绝对无效的合同，不能按照《合同法》第58条规定的一般的绝对无效合同的原则处理，而是按照《合同法》第59条的规定，将双方当事人因该合同所取得的财产，收归国有或者返还集体或者个人。
(3)以合法形式掩盖非法目的
以合法形式掩盖非法目的，也称为隐匿行为，是指当事人通过实施合法的行为来掩盖其真实的非法目的，或者实施的行为在形式上是合法的，但是在内容上是非法的行为。
当事人实施以合法形式掩盖非法目的的行为，当事人在行为的外在表现形式上，并不是违反法律的。但是这个形式并不是当事人所要达到的目的，不是当事人的真实意图，而是通过这样的合法形式，来掩盖和达到其真实的非法目的。因此，对于这种隐匿行为，应当区分其外在形式与真实意图，准确认定当事人所实施的合同行为的效力。
以合法形式掩盖非法目的而订立的合同，应当具备下列要件：
1、当事人所要达到的真实目的或者其手段必须是法律或者行政法规所禁止的;
2、合同的当事人具有规避法律的故意;三是当事人为规避法律、行政法规的强制性规定而采用了合法的形式对非法目的进行了掩盖。
(4)损害社会公共利益
在法律、行政法规无明确规定，但合同又明显地损害了社会公共利益时，可以适用“损害社会公共利益”条款确认合同无效。
(5)违反法律、行政法规的强制性规定
违反法律、行政法规的强制性规定的合同，是指当事人在订约目的、订约内容都违反法律和行政法规强制性规定的合同。《合同法解释》第4条明确规定：“合同法实施以后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据。”
需要说明的是，违反法律、行政法规的强制性的合同，当事人在主观上是故意所为，还是过失所致，均则非所问。只要合同违反法律、行政法规的强制性规定，则就确认该合同无效。
法律上不能履行，通常指标的物已被他人合法取得所有权的情况，比如，一物两卖的情况，一方取得了标的物的所有权，另一方只能要求出卖人承担赔偿损失的违约责任，不能要求出卖人继续履行交付标的物的义务。 事实上不能履行，通常指标的物毁损灭失的情况，比如特定物买卖，该标的物毁损灭失。 《合同法》第一百一十条 当事人一方不履行非金钱债务或者履行非金钱债务不符合约定的，对方可以要求履行，但有下列情形之一的除外： （一）法律上或者事实上不能履行； （二）债务的标的不适于强制履行或者履行费用过高； （三）债权人在合理期限内未要求履行。 本条中，非金钱之债与金钱债务相对,其实是指行为,即该合同之债的内容是行为。行为依法不能履行，比如行为本身违背法律强制性规定，违反公序良俗等法律原则都是法律上不能履行。
有效。根据《合同法》第三十六条 法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式订立合同，当事人未采用书面形式但一方已经履行主要义务，对方接受的，该合同成立。 《合同法》第三十七条 采用合同书形式订立合同，在签字或者盖章之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受的，该合同成立。