政府工程款支付流程
一般是：施工方提出申请，加盖施工方公章==>监理审核工程质量和工程量==>工程部复核工程量，以及其他可能涉及到款项支付的事项在审批单上进行备注==>预算部门根据工程部确认的工程量、合同约定计算应付工程款金额（有些企业预算部门同样参与工程量的确认，特别是隐蔽工程）==>财务复核累计付款金额、发票收取情况、以及其他扣款事项，签署财务意见==>总经理审批
一般采用月计量支付形式，按每月支付实际完成工程量的80%-85%支付，支付至合同价的80%-85%时停止支付，待工程全部完成时（完工或通过竣工验收）支付至合同价90%，待结算完成时支付至结算价的95%，剩下的5%作为质量保修金待工程缺陷责任期满（一般为24个月）后支付。
工程进度款的支付管理在工程合同管理中具有重要地位，合同当事人均需引起重视，对于工程进度款的支付，严格来说，是应该发包人提前支付，然后承包人进行施工，但在实践中，工程垫资已经是常态，甚至已经成为工程领域的规则。站在发包人和承包人的不同角度，关于工程款进度应注意的问题是不同的。
对于发包人来说，工程进度款的支付应该与工程质量、工期挂钩，以促使承包人按照合同约定的质量标准和工期节点施工，保证工程按时完工。在实际约定中，可以约定承包人施工至正负零付 ？%的工程款，施工至几层付？%的工程款，施工至主体封顶付？%的工程款，竣工资料提交完毕支付？%的工程款，工程竣工验收合格付？%的工程款，双方结算完毕付？%的工程款，剩余5%或3%为质保金。
对于承包人来说，一定要在弄清自己的垫资能力的前提下与发包人约定工程进度款支付标准。可以采取施工至某种进度的方式支付工程款，也可以约定按每月已完成工程量的？%支付工程款，也可以考虑按照按每季度已完成工程量的？%支付工程款。承包人主要要考虑垫资能力、垫资成本，在保证工期、质量的情况下，与发包人协商最适合自己客观情况的工程款支付进度。
需要双方注意的是，发包人和承包人应在约定清楚工程款支付进度的情况下，还要进一步细化进度款的支付流程，以及各种费用的扣除、发票的开具等等。
1、施工单位根据施工合同中工程款支付约定，向项目监理机构申请开具工程款支付证书。
2、申请支付工程款金额包括合同内工程款、工程变吏增减费用、批准的索赔费用，扣除应扣预付款、保留金及施工合同中约定的其他费用。
3、“我方已完成——工作”：填写经专业监理工程师验收合格的工程；定期支付进度款的填写，本支付期内经专业监理工程师验收合格工程的工作量。
4、监理工程师审批合格后 签收 盖章 后提交建设单位审核。
注意事项
- 根据施工合同约定，需建设单位支付工程预付款的，也采用流程向监理机构申请支付。
- 工程款申请中如有其他和付款有关的证明文件和资料时，应附有相关证明资料。